Die Anwendung der Friedensbestimmungen nach dem Dreißigjährigen Krieg hinsichtlich der Wiederherstellung der kirchlichen Verhältnisse nach dem Stand des Normaljahres [1624] auf den künftigen wie damaligen Status des Stifts vor der Vereinnahmung durch die Jesuiten, ist der ältesten, Keppel betreffenden historischen Darstellung und Urkundensammlung, der Brüsseler Chronik, zu entnehmen: Alß [1650] eine so große Kälte gewesen, daß man die Glocke aus dem Kirchturm [hat] nehmen müßen, wie auch ein tiefer Schnee gefallen eodem anno, haben sich zu der in Exemtione pacis Westphalicae zu Nürnberg versamblet geweßenen Reichsdeputation, die fraw Abtissin und sämbtliche Interessirten des Stiffts Keppel per Memoriale unterm 21. Martii gewendet, umb die Restitution des ihnen durch vorgeschüzte Donation Ao. 1626 von den Patribus Soc. Jesu zu Siegen entzogen und einige Zeit her genutzten adlichen Stiffts, damit solches vermög Instrumenti Pacis, in statum quo 1624 prima Januarii fuit, gesezt werde. Worauf endlich zu abhelffung dißer Sache nach beyderseitiger Partheyen Verhör in causa Keppelensi folgendes Reichs- Commissions urtheil erörtert worden:

In des heyligen Reichs-Commissions Sache frawen Maria von Effern, genant Hall,
Abtissin zu Keppel, und Conventualen Impetranten an einem,
contra die Herren Patres Soc. Jesu zu Siegen, und in dem Nahmen Tutorio nomine
ihre fürstliche Gnaden, die fraw Princessin Ernestine de Ligne und des Reichs verwittibte grävin zu Nassau Siegen
respective Impetranten und Defendentin andern theils
die Restitution des Klosters Keppel betreffend;
wird allem für- und anbringen nach zu recht erkandt,
daß gedachte Impetrantinnen in das Kloster Keppel mit seinen zu und angehörungen
vermög Instrumenti pacis in den Stand, wie sie anno 1624 primae Januarii gewesen,
wieder zu restituiren und einzusezen seyen;
alß dann wir des Heyligen Reichs Subdelegati Commissarii diselbe hiermit wieder restituiren und einsezen.
Jedoch der obrigkeit, und sonsten männiglichen an seinen anderwerts habenden rechten
dardurch nichts benommen, sondern vorbehalten.

4. Decembr. / 24. Novembr. 1650

Danach hatte die Kommission dem Gesuch der Impetranten, den seinerzeit von den Jesuiten verdrängten Keppeler Konventsdamen, welche nunmehr die Wiedereinweisung in das Stift beanspruchten, stattgegeben.
In der Tat konnten die katholische Regentin Ernestine de Ligne, verwitwete Gräfin von Nassau, und die Jesuiten als Defendenten die Inbesitznahme Keppels, das seit 1626 und fortan fast 24 Jahre dem Jesuitenkolleg in Siegen inkorporiert war, vor dem Stichjahr 1624 nicht nachweisen.
So erfolgte nach Mitteilung der bereits in diesem Zusammenhang zitierten Brüsseler Chronik Freytags den 12. / 22. Decembr. 1650 der Actus restitutionis und alßo die Einsetzung in das Closter und Stifft Keppel von denen Subdelegirten Herren Commissariis in Gegenwart frl. Maria von Efferen, genant Hall, Abtissin, der Interessirten von Adel, im gleichen Renthmeister Becker, beneben R. P. Procurator Soc. Jesu zu Siegen. Sodann hat man am nächstfolgenden Tag den Herren Patribus die Schlüssel abgefordert, welche dann der frl. Abtissin selbige Schlüsseln übergeben haben, in praesentia der mitinteressirten von Adel.

Der Autor der Brüsseler Chronik, ein Philip Ludolf Wilhelm von der Hees, berichtet davon, dass der Konvent in Anwesenheit der Kommission eingeführt und sogar durch die Kommissare selbst feierlich eingesetzt worden sei. Er schreibt: Aus den Conventualinnen oder Stiffts-Dames seynd nachbenante per Dd. Commissarios persönlich introdisirt und solemniter eingesezt worden nach obbenanter dero Abtissin [Maria v. Effern]; Irmgard von Selbach, genant Lohe; Maria Agatha von Seelbach; Johanetta Stephana von der Hees; Eleonora Theodora Vogtin von Elspe; Catharina Elisabeth von Ottenstein; Johanna Catharina von Selbach, genant Lohe; Anna Elisabetha von der Hees, die 1666 römisch catholisch wurde; Agatha Juliane von Steprodt; Anna Marg. von Selbach, genant Lang; worunter Johanneta Stephana von der Hees, und Catharina Elisabeth von Ottenstein aus dem thal bey freusburg gebürtig, und beyde der römisch Catholischen Religion von Jugend auf zugethan geweßen.
Offensichtlich gehörten schon bei der Wiedereinsetzung des Konvents zwei katholische Stiftsdamen dazu, bemerkenswert insofern, als 1624 das Kapitel ausschließlich von Subjecten reformierten Bekenntnisses gebildet wurde und von daher nach den Friedensbestimmungen kein Anspruch auf die Besetzung der Präbenden mit Katholiken bestanden hatte.

Gleich nach der feierlichen Beisetzung der allseits respektierten Äbtissin Maria von Effern am 27. März / 7. April 1654, an der sich auch der katholische Teil des siegerländer Adels in starker Zahl beteiligt hatte, und ebenso an den nächstfolgenden Tagen bearbeiteten die Adligen – nach eigener Aussage der Herren von Bicken, von Holdinghausen, von Bruch und von der Hees am 12. April 1654 vor dem katholischen Landesherrn Johann Franz Desideratus – die Fräulein vom Konvent durch vielfältiges Remonstrieren sowohl der Fundation ihrer Vorfahren und des ihnen gebührenden Rechtes, als [auch] Anziehen der landesherrlichen Jurisdiktion und [dessen] juris reformandi und haben sie endlich dahin gebracht, daß die Evangelischen Capitularinnen und interessierte von Adel, wann ihnen die Wahl einer anderen Äbtissin ihres Mittels nachgegeben, und solche für dißmal nebst den nominierten Capitularinnen bestätigt würde, keine Schwierigkeit weiter machen dürften, den Catholischen einen Geistlichen, die freye Religionsausübung und eine vollkommene Gleichheit sowohl in der Äbtissin-Wahl durch Abwechseln, als [auch] Zahl der Capitularinnen nachzulaßen.

Vier Wochen später, am 17. / 27. Mai 1654, hatte man in diesem Sinne eine vertragliche Regelung zu Papier gebracht, in der es heißt: Alß haben zu Verhütung alsolchen Streits und umb desto bestendiger Einigkeit zu pflanzen und zu halten die Hochwürdige und Hochedelgebohrne Jungfraw Johanna Stephana von und zu der Heeß jezigen fraw Abtissin zu sampt darinnen daselbst befindlichen Jungfrawen mit gutem Vorwissen, Belieben und Bewilligung des durchlauchtigen und hochgebohrnen Fürsten und Herren, Herrn Johann Franzen Fürsten zu Nassaw sich dahin auf nachfolgende weiße vereinbart und bethedigt:
Alß nemblich in dißem adelichen Stifft nun forthin nach dißem Vergleich allezeit neben einer zeitlichen frawen Abtissinnen noch acht Jungfrawen im Convent, dem der halbe theil, und zwarn vier der Catholische, die übrigen vier der Evang. Religion zugethan seyn sollen.
Ist [2.] ausdrücklich verabschiedet worden, daß zu ewigen Tagen in dißes Stifft keine andre personen alß welche dero adeliches Geschlecht und Herkommen von Vatter und Mutter mit ihrem aufrichtigen Acht Ahnen erweißen und darthun können, […] zugelaßen werden sollen.
Und nachdem hat sich vor das dritte zugetragen, daß jezige regirende fraw Abtissin Johanne Stephana von und zu der Heeß der Catholischen Religion zugethan; alß ist gründlich abgeredet und beschlossen worden, daß nach dem tödlichen Ableben jeziger fraw Abtissin – welches Gott noch lang verhüte – oder dieselbe ihre Stell ad manus capituli wiederumb resigniren würde, sie denn solches mit Vorwissen ihres Landsherrn zu thun verbunden und gehalten seyn solle; Ihro fürstl. Gnaden auch vor sich und dero Nachkömlingen gnädig erklärt, daß Sie solches auf vorbrachte erhebliche Ursachen, wie von alters, gnädig gestalten wolten, eine andere qualificirte von den vier Evangelischen zu einer Abtissin erwehlet und bestätiget, auch fürters allezeit mit Ersetzung der vacirenden Abtissin sollen nach der Catholischen eine Evangelische und nach Abgang der Evangel. wieder eine Catholische et sic in infinitum alternirt und gewehlt werden.
Damit auch Vierdens wegen des öffentlichen Ecercitii beyder Reiligionen künfftiger Streit verhütet werde, ist gründlich abgeredet, und verglichen worden, daß ohne einigen Hindernus oder Exception alles was bey beyden Religionen üblich und bräuchlich exerciret und geübet werden mag und kan. […]
Soviel zum fünften die Kirche und Klockengeläut betrifft soll solches gemein seyn, und die Evangel. ihren Gottesdienst in der Kirche von Morgens frühe bis 9 Uhr, demnechst die Catholischen von 9 biß 12 Uhrn vormitt. und wied. die Evang. von 12 biß 3 uhren, dann die Cathol. biß in die Nacht halten und ohne einiges Hinder- oder Irren richtig endigen.
Alß auch zum sechsten wegen der Festtagen Anregung geschehen ist hirbey verabschiedet, daß die Frl. bald und ihren Nachkömlingen beide Religionen gehalten seyn sollen, alle Freitag und Sonnabend sowohl, alß auch anderen Cathol.-Festtagen Fisch und Fleisch zugleich zu verspeißen; und damit letztlich diße abgeschiedenen Puncten uns künfftig allezeit steth, fest, und ohnverbrüchlich gehalten, und derwieder in keinerley weiß noch wegen, wye das erdacht od. gethan werden möge, contravenirt werde; so haben obged. fraw Abtissin und Conventualen dißes alles zu observiren und zu halten mit Hand und Mund bey adelichen Ehren Trew und Glauben und wahrn Worten einander zugesagt und versprochen, auch gedachten Ihr fürstl. Gnaden dießes Stiffts Ober- Schutz- und Schirmb Herren unterthänig ersucht und gebetten dißen Receß gnädig zu ratificiren und zu confirmiren.

Wenn auch der Keppeler Konvent – vorausgesetzt alle Stellen konnten überhaupt besetzt werden – nur aus höchstens neun Mitgliedern, einschließlich Äbtissin, bestand, so brachte die Zweiteilung nach unterschiedlicher Konfessionszugehörigkeit doch einige Probleme mit sich. Für die wenigen Stiftsdamen mussten allein zwei Geistliche eingestellt werden, was im Aufwand für diese nicht nur Besoldung, sondern auch Beköstigung und in der Regel Unterbringung im Stift bedeutete.
Immerhin, die altehrwürdige Stiftskirche war und blieb eine nicht zu teilende Einrichtung. Sie war ohnehin schon für die wenigen Konventualinnen überdimensioniert. Doch was hier nicht in räumlicher Trennung möglich war, wurde im zeitlichen Nacheinander geordnet.
Nicht immer hat man sich an diese strikte Trennung allerdings gehalten. Die auf die reformierte Amtsvorgängerin Eleonora Theodora Vogt von Elspe folgende katholische Äbtissin Johanna Maria von Holdinghausen hatte es offensichtlich zugelassen, dass man miteinander Gottesdienst feierte, woraufhin sie vom Erzbischof Johann Philipp von Mainz 1667 ermahnt wurde, diesen Mißbrauch zu unterlassen. Aber auch von reformierter Seite rügte Fürst Johann Moritz, sie solle den evangelischen Gottesdienst nicht mit neuen daselbst unbekannten Ceremonien turbieren. Die Konsequenz aus diesen internen Näherungen war schließlich das Diktat einer strikten Trennung auf allen Ebenen, bis hin zur Aufhebung der Tischgemeinschaft. Im 18. Jahrhundert gab es so denn auch zwei Küchen in Keppel.
Die Stiftsfräulein waren nicht nur nicht geneigt, auf einem gemeinsamen Herd zu kochen, sondern auch bei der Nutzung der Küchengüter und landwirtschaftlichen Erzeugung ging man getrennte Wege. So gab es in der Zeit des Simultaneums sogar einen katholischen und einen reformierten Kuhstall. Als Ausdruck der äußeren Umsetzung der getrennten Haushaltung baute man 1733 einen großzügigen Wohntrakt, das sog. Neue Haus, eigens für die reformierten Stiftsdamen. In gebührender Distanz, im gegenüberliegenden alten Abteiflügel, residierten die Katholiken, zusammen mit ihrem Kaplan.

Zwar war das Simultaneum auf das historische Einvernehmen der Dreiheit aus Landesherrschaft, Ritterschaft und Kapitel begründet, eine über alle Zeit tragende, reichsrechtlich gesicherte Verbindlichkeit bestand jedoch nicht. Denn die Restitutionsbestimmungen waren nicht einwandfrei berücksichtigt worden. So wirkte mit den Zeitläuften auch die politische Großwetterlage immer wieder in das Stift hinein. So wie die Äbtissinen nach den beiden Konfessionen wechselten, gewann mal die katholische und mal die reformierte Partei – je nach Begehrlichkeit der im Hintergrund wirkenden Mächtigen, die jeweils andere Seite zu verdrängen – die Oberhand.
Zu Lebzeiten des Fürsten Johann Franz Desideratus (†1699) hatten drei katholische Äbtissinnen, Johanetta Stephana von der Hees, Johanna Maria von Holdinghausen und Anna Elisabeth von der Hees, im Wechsel zu zwei reformierten Äbtissinnen, Eleonora Theodora Vogt von Elspe und Agathe Juliane von Steprodt, das Sagen im Stift.

Unter dem in der katholisch Nassau-Siegenschen Linie nachfolgenden Fürst Wilhelm Hyacinth wurde 1717 die reformierte Sophie Charlotte von Bott[l]enberg als sechste Äbtissin in Folge bestätigt. Wie es hieß, sei sie electa per majora capituli vorgeschlagen worden. Gleichwohl hatte die katholische Fraktion vor ihrer Wahl eine Religionsbeschwerde an den Landesherrn gerichtet. Ohnvorgreifliche Notamina hatte man entworfen, welche künftiger Frau Abtissin von Regierungs wegen könnte vorgehalten und injungirt werden. Danach hieß es: Daß zeitliche fraw Abtissin Ihro Hoheit alß Landtsfürsten und Herr allein erkennen, und nicht befugt sein sole weder bey reformirte Herrschaft noch anderen sich der regirn und religion halber einige miß Verständtnus hervorthun solte, zu klagen, sonderen jedesmahl bey gnädigster Landtsherrschaft oder dero Regierung ihre etwa habende Beschwerden ahnbringen. Sie sollte sich hüten, katholisches Personal (v.a. Rentmeister, Organist und Kirchendiener) zu entlassen, auch dafür sorgen, dass Bilder und alles andere, wie es in der Kirche sich befindet, gelaßen und der aus der Mauer gerißene Leuchter wieder verschafft werde. Schließlich solle die künftig Äbtissin darauf achten, dass sie ihre Stunden in der Kirchen exacte halten und Catholisch Herrn Pastoren, wie zum öfteren geschehen, umb 10 oder 11 Uhr in seinem Gottesdienst nicht mehr turbiren. Sie solle auch nicht gestatten, dass ahn Catholisch vornehmsten Feyer- und Festtagen oder wenigstens wehrenden gottesdienste in der mühlen gemahlen werde.
Wir wissen nichts davon, ob sich in ihrer Amtszeit Beschwerden solcher Art wiederholt haben. Es sind keine Unkorrektheiten aktenkundig geworden. Natürlich war und nahm die Äbtissin Partei im Sinne der Reformierten. Sie war, wie ein später nach ihrem Ableben aufgesetzter Bericht der Nassauisch- Oranischen Regierung rückblickend zusammenfasst, ebenso eifrig die protestantischen Rechte wieder herzustellen, als die katholische Äbtissin vor ihr solche zu verdrängen.

Die langfristig beabsichtigte Verdrängung der Katholiken schien zunächst gar nicht so ungünstig zu stehen. Der für Keppel zuständige Schirmherr, Fürst Wilhelm Hyacinth, wurde seiner Landesherrschaft enthoben. Somit fehlte für die katholischen Stiftsinsassen der nötige Rückhalt. Doch vermochten die Reformierten ihre Ansprüche auf alleinigen Präbendengenuss nicht durchzusetzen, als nach Absetzung des Fürsten der Kaiser das Kölner Domkapitel zur Administration beauftragte. Ebenso wenig aussichtsvoll war ihrem Betreiben Erfolg beschieden, als der letzte reformierte Fürst von Nassau-Siegen, Friedrich Wilhelm, 1734, ohne Erben zu hinterlassen, verstarb.
1740 war dem abgesetzten Fürst Wilhelm Hyacinth die Landesherrschaft wieder übertragen worden, der aber – ebenfalls erbenlos – bereits 1742 einen Vergleich mit dem Fürsten Wilhelm IV., Prinz zu Oranien, schloss, wonach er an diesen den katholischen und evangelischen Teil des Siegerlandes nebst seinem Anteil Dillenburg gegen Nassau-Hadamar und einen jährlichen Zuschuss von 40000 Gulden abtrat. Die Kaiserliche Bestätigung machte dabei nachdrücklich den Vorbehalt, dass die catholische Religion cum annexis in dem Stand, wie solche jetzo ist, ohnverändert belaßen werden solle.
Bezeichnend ist das Ersuchen der Äbtissin an den evangelischen Fürsten Wilhelm IV., das sie auf ihrem Krankenlager kurz vor ihrem Tode abgefasst hatte: Höchstdero weitgepriesenen Gerechtigkeit will ich, nebst Vielen anderen weltlichen, auch in Sonderheit die Religions- und Kirchen-Sachen des Stifts bestens unterthänigst empfehlen. Ich hege das unterthänigste zuversichtliche Vertrauen zu Ew. Hoheit, Hochdieselben werden nach Ableben ein oder der anderen katholischen Fräulein nicht zugeben, daß catholische an deren Stelle wieder angenommen, noch auch nach meinem Tode eine andere als reformierte Äbtissin erwälet werde. Am 1. Februar 1748 starb Sophie Charlotte von Bott[l]enberg.
Für die von evangelischer Seite angestrebte Unterbrechung der bisherigen Praxis, nachfolgend jeweils katholische und reformierte Äbtissinen zu wechseln, schienen die Chancen zu dieser Zeit zunächst nicht schlecht zu stehen. In der Tat verfügte der Prinz noch im selben Jahr ihres Ablebens, dass er zwar nach reiflicher Überlegung entschlossen sei, das adeliche Stift nach der löblichen Absicht ihrer in Gott ruhenden Vorfahren in seinem Wesen zu erhalten, jedoch dabey zugleich als ein Evangelischer Landesherr entschlossen wäre, es bey der reichsconstitutionswidrigen Einführung und Ausübung der catholischen Religion in besagtem Stift so schlechterdings nicht zu belassen, mithin sollte fürters weder eine catholische Äbtissin, noch catholische Fräulein mehr angenommen werden.
Die anstehende Wahl der neuen Äbtissin verzögerte sich. In der Zwischenzeit besorgte die Verwaltung des Stifts ein Fräulein von Neuhoff-Ley als Interims-Administratorin.
Die Nassau-Oranische Regierung in Dillenburg hatte sich allein deshalb noch abwartend gezeigt, da die politische Mission eines ihrer Regierungsräte am Wiener Hof in anderer Sache nicht etwa mit Schwierigkeiten durch Eingaben der katholischen Seite in dieser Stiftsangelegenheit gestört werden sollte.

Die katholischen Stiftsfräulein hatten sich an ihren Hausgeistlichen gehalten, der unterdessen das Generalvikariat in Mainz in Kenntnis gesetzt hatte und durch seine Beschwerden dessen Intervention erreichte. Dabei besann sich Mainz auf sein Erzbischöfliches Diözesan-Recht und richtete am 23. Februar 1751 an den Prinzen von Oranien ein Beschwerdeschreiben. Darin wurde behauptet, dass ohngeachtet Chur-Maintz Kraft der Friedens-Executions-Commission im Jahre 1650 den Jesuiten das ihnen von der catholischen Landesherrschaft eingegebene Stift Keppel ohne alle Parteylichkeit abgesprochen, und solches der adligen Äbtissin und den Stifts-Fräulein mixtae religionis wieder eingeräumt habe, demnächst [1654] auch im feierlichen Rezeß, daß das halbe Theil des Stifts denen Catholischen und der halbe Theil der anderen Religion zugethan seyn und bleiben, und mit der Abtissinnen Wahl alterniret werden solle, abgefasset worden.
Hieraufhin gab der Prinz von Oranien am 7. April ein Gutachten in Auftrag. Zugleich sollte seine Regierung in Dillenburg eine mit aller Vorsicht abzufassende Antwort entwerfen. Aber über den Vorbereitungen hierzu starb der Landesherr. Für dessen erst dreijährigen Sohn, den nachmaligen Fürsten Wilhelm V. führte der Herzog von Braunschweig die Regentschaft. Hinsichtlich der drohenden Aufhebung des Simultaneums und des möglichen Verlustes der katholischen Präbenden trat eine Wendung ein. Mit Genugtuung durften die Katholiken des Stifts erfahren, dass die vormundschaftliche Regierung in Braunschweig-Wolfenbüttel Ende 1752 ein Reskript erließ, wonach Sie noch für diesesmal die Wahl einer catholischen Äbtissin aus Gnaden geschehen lassen wolle.Am 25. Juni 1753 fand endlich die Neuwahl der Äbtissin ohne den mindesten Widerspruch, Protestation, oder Vorbehalt der sämtlichen Stifts Fräuleins statt. Der Konvent einigte sich auf die katholische Johanna Dorothea von Syberg.
Ebenso vermochte der katholische Stiftsgeistliche die 1755 noch immer nicht besetzte übrige katholische Präbende mit Erfolg einzuklagen, hatte man auch von der Gegenseite bei seinem Einsatz in dieser Sache nicht vor Verunglimpfungen seiner Person zurückgeschreckt. Dabei war es dieserzeit schon gar nicht mehr so einfach, qualifizierte Subjekte für diese Stellen zu finden, da der hiesige Landadel im Begriff war auszusterben. Allenfalls landfremde, d.h. nach damaligem Verständnis nicht-nassauische Familien, die den adligen Herkunfstauflagen der Stiftssatzung entsprachen, bewarben sich um die frei werdenden Stellen in Keppel. So kam die der Syberg nächstfolgende reformierte Äbtissin Marianne von Donop (introduziert in Keppel 1764) aus Homberg in Hessen. Vor ihrer Wahl als Äbtissin (1780) war sie beurlaubt und als Hofdame am Herzoglich Oldenburgischen Hofe zu Eutin tätig gewesen.
Die letzte Äbtissin, die dem Stift von der französisch-bergischen Regierung aufoktroyierte Marquise de Meslé, stammte aus Paris.